Năm 523, con trai của Clotilde đã khởi binh chống lại người em họ của bà, vua Sigismund xứ Burgundy, con trai của Gundobad, rồi phế truất và giam cầm Sigismund. Sigismund bị ám sát vào năm sau và thi thể của ông bị quẳng xuống một cái giếng nhằm trả thù mang tính tượng trưng cho cái chết của cha mẹ Clotilde. Gregory thành Tours đã xác nhận – và nhiều người khác làm như vậy – rằng Clotilde đã kích động con trai của mình dùng chiến tranh như một phương tiện để trả thù vụ giết hại cha mẹ bà của Gundobad trong khi những người khác, chẳng hạn như Godefroid Kurth, cảm thấy điều này không được thuyết phục và mang tính ngụy tạo. Sau đó, trưởng nam của bà là Chlodomer đã bị giết trong chiến dịch Burgundy kế tiếp dưới sự lãnh đạo từ người kế thừa của Sigismund là vua Godomar trong trận Vézeronce. Con gái bà, cũng mang tên Clotilde, đã mất vào khoảng thời gian này. Clotilde đã cố gắng trong vô vọng nhằm bảo vệ quyền lợi ngôi vua cho ba đứa cháu trai của bà, con của Chlodomer, chống lại những tham vọng đòi quyền thừa kế từ mấy đứa con còn sống sót của bà là Childebert và Chlothar. Chlothar có hai người con bị giết, trong khi chỉ có Clodoald (Cloud) là trốn thoát được và sau đó theo đuổi nghiệp tu hành. Bà cũng thất bại trong nỗ lực ngăn chặn các cuộc nội chiến giữa đám con cháu.

Sau những thất bại này, Clotilde quyết định cống hiến đời mình cho một cuộc sống thánh thiện. Bà luôn bận rộn với việc xây dựng các nhà thờ và tu viện, thích xa lánh bản thân mình khỏi những cuộc đấu tranh quyền lực trong triều đình.[7] Các nhà thờ gắn liền với tên tuổi bà được đặt tại Laon, và Rouen. Clotilde qua đời năm 544 tại lăng mộ St. Martin thành Tours vì nguyên nhân tự nhiên; bà được chôn cất bên cạnh chồng mình, trong Nhà thờ Thánh Tông đồ (nay là Tu viện St Genevieve)[2].